Οι διαταραχές του κύκλου χωρίζονται σε δύο μεγάλες κατηγορίες: στην πρωτοπαθή αμηνόρροια και στην δευτεροπαθή.
Πρωτοπαθής αμηνόρροια μπορεί να χαρακτηριστεί η μη εμφάνιση έμμηνου ρύσεως μέχρι το 15ο έτος της ηλικίας ή τρία χρόνια μετά την πλήρη ανάπτυξη των μαστών. Δευτεροπαθής αμηνόρροια καλείται η μη εμφάνιση εμμήνου ρύσεως για διάστημα τριών μηνών και όταν μια γυναίκα είχε προηγουμένως κανονικό κύκλο. Η εμφάνιση της κανονικής έμμηνου ρύσεως προυποθέτει:
- την κανονική λειτουργία του υποθαλάμου που δίνει το αρχικό ερέθισμα στην υπόφυση η οποία εκκρίνει τις γοναδοτροφίνες των ωοθηκών οι οποίες με τη σειρά τους εκκρίνουν τις ωοθηκικές ορμόνες (οιστρογόνα και προγεστερόνη) και την ύπαρξη ενός ακέραιου και υγειούς ενδομητρίου το οποίο θα δεχτεί τις κυκλικές μεταβολές των ορμονών της ωοθήκης που θα καταλήξουν σε εμμηνορυσία.
Όταν λοιπόν υπάρχει δευτεροπαθής αμηνόρροια ο ιατρός οφείλει να διερευνήσει εάν αυτή οφείλεται στον υποθάλαμο, στην υπόφυση, στις ωοθήκες ή στο ενδομήτριο. Τυπική δευτεροπαθής αμηνόρροια οφειλόμενη στον υποθάλαμο είναι αυτή που συνδέεται με έντονο και παρατεταμένο άγχος. Η απότομη απώλεια βάρους, η έντονη γυμναστική και η ψυχογενής ανορεξία αποτελούν άλλες αιτίες της υποθαλαμικής αμηνόρροιας.
Η κυρίαρχη βλάβη στην υποφυσιακή δευτεροπαθή αμηνόρροια είναι η ύπαρξη αδενώματος στην υπόφυση που εκκρίνει διάφορες ορμόνες όπως αυξητική, και ACTH. Η υπερέκκριση προλακτίνης από αδένωμα είναι άλλη μία συχνή αιτία αμηνόρροιας.
Η ωοθηκικής προέλευσης δευτεροπαθής αμηνόρροια οφείλεται κυρίως στην έκπτωση της ωοθηκικής λειτουργίας ή αλλιώς στην πρώιμη εξάντληση των ωοθηκοφυλακίων της ωοθήκης (πρώιμη κλιμακτήριος) ή σε χρωμοσωμιακές ανωμαλίες.
Τέλος βλάβες στο ενδομήτριο είναι συνήθως τραυματικού χαρακτήρα (μαιευτική απόξεση) σε φλεγμονές του ενδομητρίου και σε αδενοκυστική υπερπλασία του ενδομητρίου.
Μια συνήθης δαταραχή της δευτεροπαθούς αμηνόρροιας είναι η αραιομηνόρροια δηλαδή η εμφάνιση έμμηνου ρύσεως σε χρονικά διαστήματα αρκετά μεγαλύτερα από τις 28 ημέρες που είναι το συνηθισμένο. Πολλές φορές συνοδεύεται από παχυσαρκία και υπερτρίχωση.
Συνήθεις καταστάσεις για την εμφάνιση αραιομηνόρροιας αποτελούν το σύνδρομο πολυκυστικών ωοθηκών, η υπερκορτιζολαιμία και η συγγενής υπερπλασία των επινεφριδίων στην πιο ελαφρία της μορφή. Όλες οι αιτίες αυτές πρέπει να διερευνηθούν από τον ενδοκρινολόγο και να δοθεί η κατάλληλη θεραπευτική αγωγή.